Úvod: Celogenómovým sekvenovaním s nízkym pokrytím používaným v rámci neinvazívneho prenatálneho screeningu na najčastejšie chromozómové aneuploidie je možné necielene detegovať subchromozómové aberácie na celogenómovej úrovni. Aké sú technické a štatistické parametre asociované s takouto detekciou?

Materiál a metody: Od apríla 2016 do decembra 2018 bolo v rámci rutinného prenatálneho skríningu, realizovaného prostredníctvom celogenómového sekvenovania s nízkym pokrytím, analyzovaných vyše 9 500 vzoriek. Kvantitatívnou analýzou pokrytia s využitím CNV detekčného bioinformatického algoritmu boli detegované delécie a duplikácie rôznej veľkosti a polohy a následne boli tieto verifikované prostredníctvom aCGH alebo inej alternatívnej metódy.

Výsledky: V hodnotenom súbore vzoriek bolo detegovaných a reportovaných 42 subchromozómových aberácií v 38 analyzovaných vzorách, pričom veľkosť aberácií a fetálna frakcia vo vzorkách varírovali v rozsahu od 1 Mbázy do 80 Mbázy (medián = 14 Mbáz) a od 5,1 % do 19,1 % (medián = 10,4 %). U 18 vzoriek s 18 detekciami neboli dostupné výsledky konfirmačného diagnostického testovania. V prípade 6 vzoriek s 9 detekciami boli reportované aberácie potvrdené následným diagnostickým testom a u 14 vzoriek s 15 detekciami ich prítomnosť u plodu nebola potvrdená. Sumárna pozitívna prediktívna hodnota (PPV) reportovaných doplnkových nálezov bola 37,5 %. V prípade, že sa vyhodnotenie PPV týkalo len vzoriek s fetálnou frakciou nad 10 % stúpla PPV na takmer 65 %.

Závěr: V prospektívnej štúdii bola preukázaná možnosť využitia celogenómového sekvenovania s nízkym pokrytím na detekciu rôznych subchromozómových aberácií v rámci NIPT. Na detailné definovanie štatisticky relevantných parametrov ako sú senzitivita, špecificita či PPV sú potrebné ďalšie rozsiahle štúdie, resp. ich metaanalýzy, reflektujúce aj rôznorodosť fetálnych frakcií.